Il était le fils de Dharanindra Varman II. Il était également un parent proche, frère cadet ou cousin du roi Yaçovarman II qui avait succédé à son père et dont il était un fidèle, ainsi que son propre fils aîné. Après le meurtre de Yaçovarman II en 1165 il s'exile avec sa famille au Champa.
Il quitte ce pays lorsque les Chams après avoir vaincu et tué l'usurpateur Tribhuvanâditya-Varman occupent le Cambodge.
Il chassa les Chams qui avaient envahi le Cambodge et Angkor et rétablit la puissance de la dynastie khmère. Un texte chinois dit de lui qu'il "avait juré de tirer de ses ennemis une vengeance éclatante, ce qu'il parvint à exécuter après dix-huit années de patiente dissimulation".
Les troupes khmères s'emparent de la capitale cham vers 1190. Le roi vaincu est fait prisonnier et son royaume devient en 1203 une province khmère.
Jayavarman VII hisse le bouddhisme Mahāyāna au rang de religion d'État et les grands visages du Bouddha souriant font leur apparition pour orner sa nouvelle capitale Angkor Thom.
Il y réhabilite le Palais royal et remanie le Phimeanakas, élève le Bayon, son temple d'état, au centre de la cité, puis, à proximité des remparts, les temples Banteay Kdei et Ta Prohm à l'Est et Preah Khan au Nord.